Aunque la expedición del conde de Argelejo partió en 1778 desde Montevideo para ocupar Guinea Ecuatorial, el segundo transporte de apoyo salió desde Canarias, si bien perecieron en la intentona más de la mitad de los militares participantes. Desde entonces la presencia canaria fue constante y pionera en la colonización española de ese territorio, sobre todo a partir de la segunda mitad del siglo XIX que es cuando España reanuda la ocupación de Guinea.
En la segunda mitad de esa centuria algunos canarios fueron empleados como colonos en aquellas tierras. Los puertos de Santa Cruz de Tenerife y de Las Palmas sirvieron de enlace del colonialismo incipiente. El comercio poco a poco se fue incrementando. Al mismo tiempo, numerosos viajeros españoles y extranjeros hacían largas estancias en Canarias para “aclimatarse” al clima de Guinea Ecuatorial como Guillemard de Aragón, Chacón, D. José Muñoz Gaviria, Manuel Iradier, Burton. La misión evangelizadora para ir a Fernando Poo y Annobón, comandada por Martínez Sanz partió desde Santa Cruz de Tenerife en 1856, junto con sacerdotes, catequistas, monjas, carpinteros, albañiles, un sastre y labradores.
La misión evangelizadora para ir a Fernando Poo y Annobón, comandada por Martínez Sanz partió desde Santa Cruz de Tenerife en 1856, junto con sacerdotes, catequistas, monjas, carpinteros, albañiles, un sastre y labradores.
La riada de canarios continuó de forma paulatina pero constante a finales del siglo XIX y principios del XX. En estos momentos la mayor parte de los contactos eran con Santa Isabel, exportándose sobre todo cacao (entre 1904 y 1907 salen casi 50.000 kilos) y en menor medida café. Canarias suponía el tercer mercado después de Barcelona y Alicante. Canarios como Rafael Jiménez Melián en 1908 fomentaron la pesca en aquellas aguas y otros como la “Asociación gremial de armadores de buques de pesca” de salazones de pescado con sede en Arrecife o la “Fábrica de salazones y secadero de pescado” de José Toledo Hernández en Santa Cruz de La Palma, exportaban pescado capturado en aguas próximas a Canarias, tanto en salazones como luego en conserva, para Guinea. Otros intentaron fomentar otros ramos, Santiago de Luxán menciona que a principios de siglo XX se traslada desde La Palma, por trapicheros de San Andrés y Sauces una caldera del trapiche.
Algunas facetas de la administración eran también dependientes o al menos enlazaban con la administración española en Canarias. En 11 de julio de 1904 se reorganiza por real decreto los servicios de las posesiones españolas del Golfo de Guinea, en donde se indica en el artículo 23, correspondiente a la administración de justicia que la audiencia de Las Palmas entendería en las apelaciones en los casos y las formas que determinasen las disposiciones vigentes. La ligazón iba más allá a organismos como la masonería o instituciones como el ejército. Fernando León y Castillo, máxima figura política canaria de la centuria decimonónica obtuvo en 1900 el título de Marqués del Muni por su participación decisiva en la delimitación de los territorios coloniales fronterizos de España.
Como ocurrió con el resto de España, el peso de las relaciones se incrementó con los comienzos de la dictadura franquista, en donde se produjo una mayor explotación de la colonia y un incremento de la corriente migratoria. Los canarios que acudieron eran jóvenes, mayoritariamente varones pero en el que también se incluía un importante contingente femenino y familiar. La colonia de canarios fue una de las más abundantes en Guinea. Es cierto que catalanes o madrileños los superaban en número pero en función de su población podemos afirmar que los isleños, proporcionalmente fueron los más numerosos. Los emigrantes de la provincia de Las Palmas superaron a los de Santa Cruz de Tenerife. A principios de los cincuenta el aporte de colonos de esta provincia solo era superado por los de Barcelona y Madrid. Aquí no se llegaba por antojo sino que se entraba a través de un permiso de trabajo, actuando como reclamos las redes familiares y de amistad; no se venía en pequeños balandros como los que iban a Venezuela sino por vapores o más tarde aviones, contando con todos los permisos legales. Incluso quien no tuviera una conducta asumible (que no siempre quería decir respetable) podía ser devuelto a España. Era un territorio lejano a colonizar, que contaba con indudables ventajas económicas para quien emigraba pero que también tenía indudables trabajos y padecimientos, empezando por la constante amenaza de la malaria.
Los emigrantes se asentaron tanto en Fernando Poo como en Río Muni, en Santa Isabel, en San Carlos, en Timbabel, en Batanga, en Moca, en Basupú, en Frango, en Cacariaca, en Bacaque, en Bata, en Niefang, en Cogo, etc. Allí participaron en todo tipo de negocios y ocupaciones, tanto en la dirección de fincas de cacao como en tiendas y bazares de la ciudad, en bares y restaurantes, en cines, en general personas con una baja cualificación que buscaban una vida mejor y hacer dinero para regresar a sus casas o para establecerse definitivamente en África y prosperar. Muchos canarios tuvieron allí a sus hijos y se casaron en sus principales parroquias. Formaban parte del aparato colonial y su integración con la población guineoecuatoriana fue pequeña, al menos en un mismo nivel de igualdad.
Los nombres con evocaciones canarias fueron numerosos. La calle Gran Canaria, la factoría Bandama, referida a una especie de bazar, el barco isla de Tenerife que recalaba allí y el equipo de futbol Gran Canaria. En el croquis parcelario de las zonas cafeteras de la Guinea continental, próximo al río Utande, figuraban a principios de los cuarenta las haciendas de Las Palmas, Santa Ana, Navarro y Compañía, El Guanche y Maninidra. En los periódicos de la colonia fue relativamente común anuncios y noticias del archipiélago, líneas de transporte que tocaban en él y productos importados.
Algunos migrantes relevantes fueron Manuel Bethencourt Santana, artista que emigró en dos ocasiones, una a mediados de los cincuenta y otra a mediados de los sesenta para atender una finca familiar de cacao aunque desde allí también desplegó con su taller una gran actividad escultórica y recibió varios galardones entre ellos el Premio África de Escultura. La escritora Elsa López nació y pasó los primeros años de su vida en la antigua Fernando Poo. De signo diferente fue Agustín Miranda, que partió desde Las Palmas en 1937 y regresó en 1939, como secretario de la colonia, publicó Cartas desde Guinea, franquista y poeta vanguardista.
Con el desarrollo del territorio y la mejora de los transportes, Guinea Ecuatorial podía convertirse en un competidor de algunos artículos canarios en el mercado peninsular. El caso más relevante fue los intereses de los cultivadores de plátanos guineanos que chocaban con los canarios. La alarma provenía desde la CREP, siendo secundada por el Gobernador Civil de Las Palmas, quien llegó a pedir por telégrafo la prohibición del cultivo del plátano en Guinea en 1957 debido a la llegada a Barcelona con bananos de esta procedencia. Como consecuencia el Gobernador Civil de Fernando Poo, defendiendo los intereses guineoecuatorianos escribía: “como la región canaria ni la mitad del plátano que consumiría la Península española a precio remunerativo, si hubiera organización, las cuatro piñas de la Guinea, tienen holgada cabida en la propia metrópoli; y cualquier reparo a este efecto es infundado e infundioso”. En el periódico Avanzada, de Barcelona, en su número 40, en febrero de 1957, se criticaba la competencia de los plátanos guieoecuatorianos por las condiciones desleales de trabajo: “Mientras los obreros de Canarias se hallan prácticamente asociados con la Empresa en un régimen social muy avanzado y acorde a los principios cristianos del Movimiento, lo obreros de la Guinea no perciben ni una sola de las ventajas de nuestra previsión social”.
La independencia de Guinea en 1968 y la penosa evacuación en 1968 trastocaron todos los planes de los canarios. La mayoría regresaron y trataron de rehacer su vida en las islas, algunos pudieron regresar con ahorros e invertir en viviendas o sectores productivos mientras que otros volvieron con lo puesto. Los lazos con Guinea Ecuatorial de estos pioneros siempre estuvieron presentes a pesar de la dictadura de Macías Nguema.